辣椒枯萎病主要幼苗期或开花坐果期发生，为害根部或根颈处。初期病部出现水渍状褐色斑点，下部叶片黄化，嫩芽和嫩叶生长缓慢，色泽暗，叶片出现半边枯黄，半边绿色，中午萎蔫，晚上恢复，可持续2～3天。随病情加重，根颈处及主根、侧根基部皮层干腐纵裂，容易剥落，植株下部叶片大量脱落，茎秆和叶片迅速凋萎。病害扩展后，病根出现腐烂，髓部变为暗褐色或略带紫红，茎基部近地面3厘米左右整段干腐，或半边出现纵向枯死的长条斑。潮湿大时，病部长出白色菌丝或蓝绿色霉状物。后期病株侧根很少，容易拔起。折断茎杆可见根颈部维管束变褐，外部也常呈褐色。根系呈水浸状软腐，皮层极易剥落，木质部变成暗褐色至煤烟色。
叶片自下而上逐渐变黄，大量脱落。与地面接触的茎基部皮层呈水浸状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎。有时病情只在茎的一侧发展，形成条状坏死区，后期全株枯死。
辣椒枯萎病的后期症状：后期全株枯死。地下根系呈水浸状软腐，纵剖茎基部，可见维管束变为褐色。湿度大时，病部常产生白色或蓝绿色的霉状物。
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