玉米纹枯病以遗留在土壤中和病残株上的菌丝、菌核越冬。病株上的菌丝经越冬后仍能存活，为其初侵染源和多侵染源的来源之一。通过病株上存活的菌丝接触寄主茎基部表面发病。
病菌以菌丝和菌核在病残体或在土壤中越冬。翌春条件适宜，菌核萌发产生菌丝侵入寄主，后病部产生气生菌丝，在病组织附近不断扩展。菌丝体侵入玉米表皮组织时产生侵入结构。接种6天后，菌丝体沿表皮细胞连接处纵向扩展，随即纵、横、斜向分枝，菌丝顶端变粗，生出侧枝缠绕成团，紧贴寄主组织表面形成侵染垫和附着胞。
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