小麦纹枯病是一种典型的土传病害，病原菌主要以菌核、菌丝体在土壤中或病残体中越冬，作为第二年的初侵染源；带有病残体和病土的未腐熟的有机肥也可以传病。此外，农事操作也可传播。
在田间湿度大，通气性不好的条件下，病鞘与茎秆之间或病斑表面，常产生白色，或土黄色、黄褐色霉状物（菌丝），上面长出担孢子，单细胞，椭圆形或长椭圆形，基部稍尖，无色。
小麦纹枯病病原：两菌的区别前者的细胞为双核，后者为多核；前者菌丝较细，生长速度较慢，后者菌丝较粗，生长速度较快；前者产生的菌核较小，后者产生的菌核比前者大；两个种均有各自的菌丝融合群。