选用抗病品种，测土配方施肥，科学施肥管理，及时药物防治，加强水肥管理，预防为主。西红柿病毒病的防治方法包括：1、品种预防；2、加强水肥管理；3、加强田间管理；4、种子药物处理等。防治措施主要有合理选择抗病毒品种，合理浇水，避免干旱，从而避免病毒病高发的环境，清除棚内及周边杂草，切断病毒病传播途径，前期培育壮棵，增强植株抗病性，合理用药，控制病毒病的发生发展，及时清理带病植株。
种子消毒方面，可以把种子充分晒干，使含水量降至8%以下，置于恒温箱内，在72℃条件下处理72小时，可杀死种子所带病毒；也可以采用药品消毒法杀灭病毒，一般用10%磷酸三钠水溶液，浸泡20-30分钟，捞出后，反复冲洗至干净即可。
生物防治方面，消灭蚜虫的同时，苗期用量减半。配合3000倍维生素C+3000倍有机硅+红糖150倍+沃丰素600倍+奥力克TY病毒Ⅰ号375倍喷雾，连喷3次，每天一次，苗期用量减半。田间发现少量病株应立刻拨除，并进行药剂防治。