辣椒根腐病多发生于定植后，主要为害辣椒茎基部及维管束。发病初期，病株部分枝和叶片变黄萎蔫，特别是顶部叶片白天调萎、早晚恢复。茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。病株的根茎部及根部皮层呈淡褐色至深褐色湿腐状，极易剥离露出暗色的木质部。横切茎观察，可见病株维管束变褐色，后期湿度大时病部长出白色至粉红色霉层。
此外，木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，也可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展；尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状，拔出幼苗，主根变为黄褐色，次生根坏死脱落；茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，后腐烂，致幼苗枯死或矮化。发病严重时，植株生长发育不良，株型矮小，根系腐烂，最后植株枯死但叶片仍呈绿色。