目前，我国大豆种子市场大约80%被进口转基因大豆所占据，农民自留种比例不断下降，部分地区已降至20%以下。国际种子公司通过提供高产量和抗病虫害的转基因大豆种子，迅速占领了中国大豆市场。国内种业公司不得不采取“拿过来繁育”的方式，根据国外种子公司的背景进行繁育和销售，或直接购买外国杂交品种进行繁育销售。大豆产业在美国、巴西和阿根廷等国家高度集中，掌握了核心技术和市场份额，尤其在转基因品种和种子包衣剂领域占据主导。我国黄淮海、东北、西北等地大豆种子基本依赖国外引进的亲本繁殖，种子资源控制力逐渐减弱。国外种业公司和粮商对我国大豆种子资源的影响在国际贸易、技术转移和知识产权保护方面日益加深，各地大田表现出的被控制趋势日益明显。大豆产业链中，育种公司、合作社和农户之间的竞争与合作随着转基因大豆的普及变得复杂。种子知识产权保护趋于严格，对农户自留种的权利，尤其是转基因大豆留种权带来挑战。农户因高产和抗病性普遍倾向于购买转基因大豆种子，自留种比例持续下降。农技服务方面，推广转基因大豆技术的普及与种业公司服务密不可分，各地农技部门在种子繁殖、技术培训和市场推广上发挥着关键作用。大豆市场体系中，外资种业公司逐步向产业链上下游延伸，通过人才、技术、专利等抢占市场份额，粮商及合作社种植大豆的积极性因此被调动。种子贷款及补贴政策在推广转基因大豆过程中起到了积极推动作用，但也存在法规漏洞和监管问题，导致一些地区的种子经营权集中，影响农户自留种选择。规模化生产经营对大豆种子来源、繁育和销售模式产生了深远影响，农户选择种子的自主权逐渐受限。大豆出口贸易政策在转基因大豆技术普及后变得复杂，知识产权壁垒成为重要议题。国内大豆能否进入国际市场，不仅取决于产品质量，还受到种子来源和知识产权状态的限制。我国主产区大豆种子自给率面临困境，农户选择余地受限，大豆种质资源流失，对主产区粮食安全带来潜在威胁。种植效益下降使得农民不愿意种植大豆，进一步减少了大豆资源的多样性。农户对于大豆育种与繁殖的参与度降低，大豆种子的本地化培育和传承面临挑战。国内大豆种业与国际市场脱钩加剧，国内大豆种子市场逐渐被国际大公司垄断。在大豆种子产业链调整过程中，国内大豆种子资源控制权逐渐丧失，农业生产安全和竞争力面临严重威胁。
