选用抗耐病品种，避免种植高感纹枯病的品种。用专用包衣剂或拌种剂处理种子有一定的防治效果。剥除病叶，在心叶期和心叶末期，分两次摘除下部病叶，每次2片，会对纹枯病有一定防效。重病田可在玉米生长中期在茎基喷施药剂，间隔7～10天1次。适合药剂有：多井悬浮液、菌核净、井冈霉素、退菌特等。防治纹枯病的最有效时期在灌浆初期，利用井冈霉素平均防效可达75%左右。若在该时期先剥除病叶，再用井岗霉素加以保秆，其防效可达94%。
降低田间湿度，避免种植过密和氮肥施用过量；做好中耕除草，修理好排水沟；摘除下部老叶，尤其是剥去发病叶鞘。清除田间菌源，玉米收获后清除带病的残株，并且深翻土地，减少越冬菌源。在发病初期摘除的病叶要带出田间集中烧毁。药剂防治，在发病初期（玉米拔节时），用井冈霉素、菌核净、苯甲·丙环唑、戊唑醇等进行喷雾防治，重点喷茎秆中下部，5～7天后再用药1次。
玉米纹枯病的防治方法有农业防治和化学防治。农业防治包括选用抗病品种，打除病叶深埋，合理密植，增强通透性。化学防治可用井岗霉素进行防治，或用50%的多菌灵可湿性粉剂600-800倍液喷雾防治。发病初期用苯、丙环唑喷雾，效果不错。