番茄在持续低温，氮肥、水分及光照充足的条件下使养分过分集中地运送到正在分化的花芽中，花芽细胞分裂过旺，心皮数增多，开花后心皮发育不平衡而形成多心室畸形果。花期使用生长素浓度过高，而果实发育养分供应不足；或点花(喷花)后花朵尖端残留多余激素水滴，使果实不同部位发育不匀，引起子房畸形发育。水肥管理跟不上，缺硼、钙元素会加剧果实畸形病的发生。春番茄苗期低温阴雨，光照不足或秋番茄苗期遇高温，影响花芽分化，会大大增加第1~2花序的畸形果率。预防番茄结畸形果的办法：控制棚内温度，不宜长时间超过35℃，可以通过大水漫灌、拉遮阳网等措施进行降温；蘸花时蘸花药的浓度随温度的升高而降低，温度较低则适当增加浓度；果期喷施低浓度的硼砂溶液，能促进果实膨大，提高产量。番茄在苗期和花芽分化期遇低温，其次激素使用不当有时也会造成畸形果，此外在番茄花芽分化期，如果植株营养积蓄过多，易使花畸形，并导致果畸形。西红柿畸形果主要是由于低温干旱或激素使用不当造成的。
