气候是主要因素，高温高湿易导致赤枯，其次是缺素和药害及长期深水。
缺钾型和缺磷型是生理性的。稻株缺钾，分蘖盛期表现严重，当钾氮比(K#O/N)降到0.5以下时，叶片出现赤褐色斑点。多发生于土层浅的沙土、红黄壤及漏水田，分蘖时气温低时也影响钾素吸收，造成缺钾型赤枯。缺磷型赤枯生产上红黄壤冷水田，一般缺磷，低温时间长，影响根系吸收，发病严重。中毒型赤枯主要发生在长期浸水，泥层厚，土壤通透性差的水田，如绿肥过量，施用未腐熟有机肥，插秧期气温低，有机质分解慢，以后气温升高，土壤中缺氧，有机质分解产生大量硫化氢、有机酸、二氧化碳、沼气等有毒物质，使苗根扎不稳，随着泥土沉实，稻苗发根分蘖困难，加剧中毒程度。
因田间经常积水，加上管理技术跟不上。
水稻赤枯病低温干旱，缺磷易发生。
秧苗素质差，低温阴雨，土壤沉实，水深缺氧，缺磷钾等。
引起水稻赤枯病的原因有缺磷，钾肥。土壤中有毒物质过多，造成中毒型坐蔸也可引起赤枯病。
引起水泡赤枯病的原因有几个。
引起水稻赤枯病害有：1、缺素。如缺磷钾肥、缺锌等。2、低温冷害。秧苗移栽后低温多雨或者田块冷㓎等。3、中毒。主要是有机肥没有腐熟，或者有机质含量过高造成。
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