水稻从秧苗期到抽穗均可发病。苗期发病与种子带菌有直接关系。感病重的稻种多不发芽或发芽后不久即死亡；轻病种发芽后，植株细长，叶狭窄根少，全株淡黄绿色，一般高出健苗1/3左右，部分病苗移栽前后死亡。枯死苗上有淡红色或白色霉状物。本田内病株表现为拔节早，节间长，茎秆细高，少分蘖，节部弯曲变褐，有不定根，剖开病茎，内有白色丝状菌丝。病株下叶发黄，上部叶片张开角度大，地上部茎节上长出倒生根，病株不抽穗。枯死病株在潮湿条件下表面长满淡红色或白色粉霉。轻病株可抽穗，穗短而小，籽粒不实。稻粒感病，严重者变褐不饱满，或在颖売上产生红色霉层，轻病者仅谷粒基部或尖端变褐，外观正常，但带病菌。水稻恶苗病的主要特征有秧苗不分蘖，出现一炷香状况，并且秧苗基部出现倒生根现象等。
