黄瓜苗期病害主要分为非侵染性病害和侵染性病害两大类。非侵染性病害包括冻害、烧根、沤根和药害等。侵染性病害则由真菌、细菌、病毒和线虫等引起，常见的有猝倒病、霜霉病、灰霉病、细菌性角斑病、炭疽病、疫病和枯萎病等。
