初期，在蔓节部出现浅黄绿色油渍状斑，病部常分泌赤褐色胶状物，而后变成黑褐色块状物。后期病斑干枯、凹陷，表面呈苍白色，易碎烂，其上生出黑色小粒点，即病菌的分生孢子器。瓜蔓显症3～4天后，病斑即环茎1周，7天后产生分生孢子器，严重的14天后病株即枯死。果实染病，主要发生在靠近地面处，病斑圆形，大小1.5～2厘米，初亦呈油渍状，浅褐色略下陷，后变为苍白色，斑上生有很多小黑点，同时出现不规则圆形龟裂，湿度大时，病斑不断扩大并腐烂，菌丝深入到果肉内，果面现白色绒状菌丝层，数天后产生黑色小粒点。叶片发病，多从植株的叶缘处开始侵染，形成类“V”形黑褐色坏死斑，随着病情的发展，病斑上密布黑色小点，这是通过甜瓜蔓枯病在叶片上的典型症状，空气干燥时病斑易破裂，有时病斑上有轮纹出现。叶柄受害初期出现黄褐色椭圆型至条型病斑，后病部逐渐缢缩，病部以上枝叶枯死。
