手扶拖拉机的驾驶操作要求驾驶员具备一定的熟练度，否则在起步或停车时，如果离合器操作不当，即踩不到位或踩得不够深，就容易导致乱档现象的发生。
手扶拖拉机的传动系统结构复杂，涵盖了离合器、变速器、传动轴和差速器等多个关键部件。这些部件中任何一处出现故障或损坏，都可能引起乱档问题。例如，离合器片的磨损、变速器齿轮的损坏以及传动轴的弯曲都是传动系统中常见的故障。
此外，手扶拖拉机的油路系统也是故障频发之处。液压油不足、油路堵塞或油泵故障等都可能导致乱档问题。同时，发动机的正常运转依赖于充足的油量供应，油量不足会导致发动机失速，从而引发乱档。