农机行政处罚案件的处理时限根据相关法律法规有所不同。一般情况下，自接到案件之日起，农机管理部门必须在三个月内完成调查、取证、听证等程序并作出处罚决定。如遇特殊情况需延长期限，相关部门须按法定程序办理并向当事人书面说明。
对于严重的农机违法行为，如危险驾驶或违反道路交通安全法规等，农机管理部门有权立即采取紧急措施，并应在五个工作日内完成初步调查。在此基础上，处罚决定需在一个月内作出。对于一般违法行为，农机管理部门同样需在一个月内作出处罚决定。
此外，根据特定规定，涉及农机安全的违法行为，处罚决定须在五个工作日内作出；其他一般违法行为，则在一个月内作出决定。这些规定确保了农机行政处罚案件的及时处理，维护了农机市场的秩序和安全。