操作不当是造成清选损失的主要原因之一。联合收割机的操作需要经验丰富的农民或机手进行，新手可能因操作不熟练而造成损失。收割机速度过快或过慢都会导致清选不彻底或漏割现象。
联合收割机本身的质量和性能也是造成损失的原因。清选装置设计不合理或磨损严重会导致清选不彻底。收割机刀具磨损、割刀不锋利也会影响清选效果。
作物品质和状况影响清选损失程度。作物过于疏松或叶片过多会增加清选难度。含水量过高会增加作物重量导致更多被清选掉，过低则增加碎屑产生。
环境因素也会产生影响。土壤潮湿或积水会导致清选装置堵塞或作物难以清选干净。风力较大或秸秆较长等因素同样会影响清选效果。