收割机脱粒不净可能由多个因素造成。首先，收割机部件的磨损或损坏是一个常见原因。例如，脱粒器的搅龙或搅龙皮带若磨损严重，将导致谷物无法充分脱粒。此外，脱粒器间隙的不当调整，无论是过大还是过小，都会影响脱粒效果。同时，筛子和风机等部件的损坏也会导致脱粒不彻底。
其次，谷物本身的质量问题也是导致脱粒不净的重要因素。质量较差的谷物，如受霉变、潮湿或虫害影响的谷物，往往难以有效脱粒。此外，不同种类和品种的谷物具有不同的脱粒特性，这就要求收割机必须根据谷物的具体特性进行相应的调整。
最后，操作者的操作不当也可能导致脱粒不净。忽视及时清理收割机的秕杆和秕箱会导致谷物堆积，从而影响脱粒效果。同样，如果操作者在调整收割机时未根据实际情况进行正确调整，也会导致脱粒不彻底。因此，正确的操作和维护对于确保收割机的有效运行至关重要。