农业机械补贴资金的使用应当遵循公开、透明的原则。农业机械补贴资金涉及到公共利益，必须要保证资金使用的公开透明，让农民和社会公众知晓补贴资金的使用情况，以便及时监督和提出意见。
农业机械补贴资金的使用应当遵循规范、合法的原则。农业机械补贴资金必须要遵循国家和地方政策的相关规定，保证资金的合法使用，严格按照审批程序使用资金，不得违规操作。同时，对于违反规定的使用行为，必须要追究责任。
农业机械补贴资金的使用应当遵循效益、优先的原则。农业机械补贴资金使用要尽可能提高效益，优先支持农村地区经济薄弱地区，以及农民家庭经济困难户、残疾人等特殊困难群体，以提高农民的生产效益和生活水平。
