造成粮箱里的籽粒不干净的主要原因之一是作物收割时损失的籽粒。在收割过程中，不可避免地会有一部分庄稼的籽粒散落到地面上或被撞击碎裂。为了减少这种损失，农民可以采取合理设置刀片高度、调整割台转速等措施，以减少庄稼的破损和散落。
联合收割机本身的设计和工作机制也会导致粮箱里的籽粒不干净。收割机的振动和震动会使得一些细小的杂质进入粮箱，比如土块、草根等。此外，收割机在作业过程中会产生大量灰尘和颗粒物，这些物质也会附着在庄稼籽粒上。可以在作业前将收割机进行彻底清洁和维护，确保机器各部件正常工作，并及时清理粮箱内的杂质和积尘。
粮箱里的籽粒不干净还可能与储存和运输过程中的操作不当有关。储存和运输时，粮食与空气接触可能吸收湿气，导致籽粒变得不干净。因此应保持粮食的干燥和密封，防止湿气侵入。