小型手扶拖拉机旋耕机在耕地时会产生较大的噪音和振动，可能对农田周围环境和居民造成干扰，特别是在城市或住宅区附近使用时，易引发噪音投诉和环境污染问题。
该设备在耕作过程中会对土壤造成一定程度的压实。由于机器结构和重量造成的压力，长期使用可能导致土壤团粒结构破坏，使土壤变得致密，从而影响透气性、渗透性和保水性。
旋耕机在作业时还可能破坏土壤有机质结构和微生物生存环境，其旋转刀片翻动土壤的过程可能造成长期土壤贫瘠化和生态环境退化。
此外，小型手扶拖拉机旋耕机需要持续运转刀片进行耕地作业，这会消耗大量燃料和能源，不仅增加农民经济负担，也对环境产生负面影响。