当农民申请补贴的农机具数量超过规定的上限时，他们可以尝试与当地政府或农机具补贴管理部门进行沟通和协商。农民可以向相关部门说明超过上限的原因，例如家庭农场的规模较大，需要更多的农机具进行农业生产。同时还可以提供土地面积、种植作物种类等证明材料来支持自己的需求。
此外，农民也可以考虑与其他农民合作联合申请补贴。通过与其他人协商，将部分农机具纳入其他农民名下进行申请，既能解决超限问题，又能促进农机具的共享使用，提高设备利用率。
另一种处理方式是灵活安排农机具的购买时间。如果当前补贴额度不足，农民可以选择等待下一轮补贴政策开放时再进行申请，或根据政策调整购机计划。