玉米的主要特征是天然异花传粉，其授粉群体的田间组成和个体的基因型都处于高度异质和杂合状态。因此，在玉米天然授粉的群体中，株间表现型比较的意义不大，必须通过基因型选择才能正确决定取舍。由于个体基因型的高度杂合，表型选择不可靠，需对大量个体进行测交或后代鉴定，以确认表型是否真实遗传。因此，在玉米育种过程中，通常需要经过多代的选择比较才能育成新的自交系或品种。
现代玉米育种的主流是杂种优势育种，主要途径是先选育纯合的亲本自交系，再将这些亲本自交系杂交，选育出杂种优势强的杂交种。生产上利用的是F1代的杂种优势。自交系的选育不仅要求本身性状优良，还要求配合力高。对自交系农艺性状和配合力的选择具有同等重要的意义，不可偏废，这大幅提高了育种的难度和周期。
此外，自交系的性状与杂交种的性状虽然相关，但仍有一定距离。在杂交种水平上还需对农艺性状进行选择鉴定，同时对主要目标性状的杂种优势水平进行比较，最终育成优良杂交品种。