微耕机的保养关键在于严格执行“防重于治，养重于修”的原则。每次使用后，需检查各连接部是否松脱，油、水、气是否泄漏，以及清理整机和附件上的污垢和杂草，及时更换损坏的零部件。操作时，首先确保燃油和润滑油充足，各部件连接紧固，操作系统灵活。启动发动机前，确认离合器处于分离状态，并将变速杆放在空挡位置。运转中应避免加注燃油，操作者在移动时应注意脚步稳定，确保对操纵系统的控制能力。在温室使用时，应注意通风以避免废气滞留。选择“倒退”挡时，应以小油门缓慢起动，确保身后有足够空间并随时准备切断离合器。停机时，先降低发动机转速，使离合器分离，将变速杆置于空挡，逐步减小油门并关闭发动机。
微耕机的存放包括趁热放出发动机底壳和变速箱的润滑油，清洗机器外表的尘土和污垢，检查并修理或更换损坏部件，注入新机油，启动发动机运转5分钟使机油分布到各部，涂抹防锈油或补刷防锈漆，涂机油于易生锈部位，放松皮带和链条，密闭包扎消声器和空气滤清器口，存放于通风干燥的机库内，减低轮胎气压并将其支离地面。