变速箱是传动系的核心组件，它位于离合器与后桥之间，主要功能是增扭减速。中小型拖拉机的变速箱通常由齿轮和齿轮轴构成，通过变速杆拨叉实现不同齿轮组合，以获得不同的传动比，实现变速变矩。长期频繁换挡会导致变速箱中的齿轮、齿轮轴、轴承等零件的磨损，进而破坏齿轮啮合间隙，导致异响、挂挡困难、乱挡、跳挡等问题，影响车辆正常运行。
变速箱异响的原因可能包括常啮合从动齿轮轴套间隙过大、变速箱第一轴轴向窜动、中间轴固定圆螺母松动、轴承磨损等。异响的判断可以通过踩下离合器踏板、比较不同工况下的声响、挂高挡、大油门或挂低挡、轰油门等方法进行。
挂挡困难可能由多种原因引起，包括离合器从动盘与飞轮或压盘粘接、制造质量问题、操作不当、设计缺陷等。旧拖拉机挂挡困难的原因可能包括离合器分离不清、变速叉和变速轴变形、联锁机构调整不当、润滑油凝固等。
跳挡是指车辆行驶中齿轮或套牙突然移动到空挡位置，通常在中高速行驶、负荷变化或剧烈震动时发生。跳挡的原因可能包括操纵机构调整错误、齿轮啮合不良、轴承磨损、拨叉变形、锁止装置不良等。解决跳挡问题需要检查操纵机构、齿轮啮合情况、自锁锁止销、弹簧、变速叉轴凹槽等，并进行相应的更换或修复。