由于微耕机工作的环境较恶劣，保养就显得尤为重要。在工作中，由于零部件互相摩檫震动，油、泥、水的侵袭，会造成零部件的磨损、连接松动、腐蚀老化，从而使微耕机技术状态变坏、功率下降、油耗增加、磨损加快，故障不断出现。因此，微耕机的保养除说明书上要求的常规保养外，在闲置期间对其部件及时进行必要的紧固和调整，有利于提高作业性能。
微耕机在使用一段时间后，有些部件行程和间隙会增大，要对其进行必要的调整。微耕机的离合器、倒档、油门、转向等都是通过拉线操作的，而拉线又容易变形拉长，所以要通过调整螺丝及时进行调整。另外，齿轮传动箱的一轴、二轴、两对锥形齿轮等使用一段时间后，会产生一定的间隙，一轴、二轴通过紧后端螺丝进行调整，两队锥形齿轮通过增加钢垫片来调整。但要特别注意的是，发动机的螺丝不要轻易去拧紧它，尤其是那些直接上在铝合金壳体的螺丝。
机器无力、启动困难、散热效果差、动力不足等，是典型的保养不够造成的故障。为防止上述情况的发生，在保养中，要避免用冷水给风冷机降温、使用质量不过关的燃油和润滑油、乱紧机体上的螺丝等错误保养措施的出现。
