由于微耕机工作环境恶劣，保养尤为重要。工作中，零部件摩擦震动，油、泥、水侵袭，会导致磨损、连接松动、腐蚀老化，技术状态变坏、功率下降、油耗增加、磨损加快，故障频发。除常规保养外，闲置期间对部件进行必要的紧固和调整，有利于提高作业性能。
微耕机使用一段时间后，有些部件行程和间隙增大，需及时调整。离合器、倒档、油门、转向等通过拉线操作，拉线易变形拉长，要通过调整螺丝调整。齿轮传动箱的一轴、二轴、两对锥形齿轮使用后产生间隙，一轴、二轴通过紧后端螺丝调整，两对锥形齿轮通过增加钢垫片调整。但发动机螺丝不要轻易拧紧，尤其是直接上在铝合金壳体的螺丝。
机器无力、启动困难、散热效果差、动力不足等，主要由保养不够造成。为防止上述情况，保养中要避免用冷水给风冷机降温、使用质量不过关的燃油和润滑油、乱紧机体上的螺丝等错误措施。