农用车由于某些客观因素和处于较恶劣的工作环境，会给驾驶员的健康带来一定的影响。因此，农用车驾驶员在工作过程中要加强自我防护。
首先，要预防废气对人体的危害。发动机工作时排出的废气中含有大量的炭粒、一氧化碳、二氧化碳、甲醛及丙烯醛等有害物质。驾驶员长期吸入这些物质，会引起呼吸道疾病和眼睛刺激，严重时可能引起一氧化碳中毒。预防措施包括：确保排气管高于驾驶室顶部或改变其位置，使废气远离驾驶室；在机房内进行固定作业时，要打开门窗，保持空气流通；调试发动机应在通风良好的场所进行，避免吸入废气。
其次，要预防油料引起的中毒。汽油和柴油对人体有毒害作用，尤其是汽油中的四乙基铅，能通过呼吸道、消化道和皮肤侵入人体，强烈刺激神经系统，引起中毒。柴油蒸气被吸入肺部后可能引发肺炎，常接触柴油蒸气和机油容易引发接触性皮炎。防治措施包括：尽量避免皮肤直接接触汽油和柴油，若汽油、柴油溅入眼内，应立即用清水冲洗；禁止用嘴吸油管，特别是含铅汽油；工作完毕后，立即用肥皂洗脸洗手；若发生皮炎，可用相应的药物外擦患处。
再者，要预防防冻液中毒。乙二醇水防冻液具有一定的毒性，对人体内脏有损伤作用。防冻液中毒症状包括头晕、头痛、恶心、腹痛等。预防措施主要是避免防冻液通过口腔进入体内，配制或加注防冻液后要洗手。出现中毒症状时，应立即用清水或苏打水洗胃，并及时送医院治疗。
此外，要预防配合剂中毒。配合剂主要通过呼吸、皮肤接触和误食进入人体。防止措施包括：保持操作场地通风、清洁和光线良好；用后盖严容器，及时处理用剩的配合剂；工作完成后及时洗手；操作时戴防护手套和防毒面具，或涂食用油避免直接接触。
最后，要预防噪声和震动对人体的危害。农用机车在作业中产生的震动和噪声可能引起听觉疲劳和注意力分散，长期颠簸震动还可能导致腰背酸痛、腿脚肿胀和胃下垂等。预防方法包括：安装排气管消声器以减轻噪声；改装弹性较好的座垫和靠背；驾驶时戴手套；有胃下垂或腰背酸痛者不宜驾驶农用车。