玉米秸秆还田作为持续性生产措施，逐步得到普及，产生了很好的经济效益。但由于部分农民对这一技术掌握不够全面，耕作中出现了一些问题，产生负效应。东平县农业局的有关专家分析，具体表现在以下方面：首先，碳氮比失调。秸秆本身碳氮比为65-85：1，而适宜微生物活动的碳氮比为25：1，秸秆还田后土壤中氮素不足，使得微生物与作物争夺氮素，结果秸秆分解缓慢，麦苗因缺氮而黄化、苗弱，生长不良。其次，秸秆粉碎不符合要求。有的地块粉碎后的秸秆过长，其长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。最后，土壤大小孔隙比例不合理。秸秆还田后，使土壤变得过松、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长，使小麦扎根不牢，甚至出现吊根。
为了弥补以上缺陷，保证稳产、高产，专家指出了以下措施：首先，按比例补施氮、磷、钾肥料。在秸秆还田前，每亩施尿素20公斤、过磷酸钙25公斤、硫酸钾10公斤，然后进行耕翻，可促进秸秆分解，实现高产。其次，提高播种质量。粉细深翻秸秆，粉碎长度宜小于10厘米，选用大型秸秆粉碎机，秸秆粉碎得较碎，并使粉碎的秸秆与土壤搅和均匀。同时选用与之配套的旋转式(转盘式)播种机，以提高播种质量。最后，适时镇压浇水。小麦播种后，晾晒一天，用石磙镇压，进行浇水，使土壤密实，消除大孔洞，大小孔隙比例合理，种子与土壤紧密接触，利于发芽扎根，可避免小麦吊根现象。
专家还指出，消灭病原体带病的秸秆不能直接还田，否则夏季玉米易发生病害，这类秸秆应销毁或高温堆腐后再施用。