在拖拉机的维修保养过程中，除了进行外部和内部的清洗外，还需特别注意滤清器、冷却系统及润滑系统的清洁工作。
一、清洗空气滤清器
1.泡沫塑料滤清器：首先清除壳体内的尘土，然后使用洗衣粉或皂水溶液轻轻揉洗滤片（禁止使用汽油）。洗净后晾干，再将滤片浸入清洁的机油中，最后挤干。新滤片需比芯管高10毫米，且能在芯管上缠绕两圈，确保两端都被压条固定。安装时，滤片的缠绕方向应与空气流动一致。
2.纸制滤清器：先用橡皮塞堵住滤芯的中心孔口，在盛有柴油或煤油的盆中用软刷清洗，然后打气吹出滤纸微孔中的污物，最后再用干净的油液刷洗一次。
二、清洗冷却系统
1.酸洗法：先排尽冷却水，灌入25%的盐酸溶液，等待10分钟后放出清洗液，再用清水冲洗干净。如遇水垢堵塞，可直接拆除下方水管放液。
2.碱洗法：同样先排尽冷却水，将6千克热水、0.5千克烧碱和0.1千克煤油混合的溶液倒入水箱，静置2小时。随后启动发动机运转10分钟，如此重复5-6次后，趁热放出清洗液，并用清水冲洗水箱和冷却水道。
三、清洗润滑系统
在发动机停转后立即趁热排出旧机油，以带出杂质。清洗滤清器和放油塞后，向曲轴箱内加入机油、煤油和柴油的混合洗涤油，低速运转3-5分钟后放出洗涤油，并注入新机油。清洗过程中，机油压力应不低于50Pa。
此外，变速箱的清洗也应在齿轮油热时进行，加入适量的柴油，通过拖拉机的前进和倒退操作完成清洗，最后更换为清洁的齿轮油。