在阴雨连绵的天气里，停用的柴油机应存放在通风干燥的地方，底部垫高以离开地面。如果柴油机受到严重雨淋或水浸泡，需要及时处理以防止内部锈蚀。处理步骤如下：
首先，擦干外部泥水后，按系统重点检查和修理以下部位：
润滑系统：
拔出机油尺，检查机油中是否有水珠。若有，说明油底壳内已进水。应将机油全部放出，卸下油底壳，用毛刷刷掉各部位的水珠。避免使用棉纱类纺织物擦洗，以防丝毛挂住机件，造成集滤器堵塞。同时，卸下机油过滤器及集滤器，清洗水分及脏物后装复。最后，装上油底壳，加入机油至规定位置。
燃料系统：
拧松燃油箱放油螺塞，检查是否有水珠渗出。若有，说明油箱内有水，应将油全部放出，并用油枪喷射柴油清洗油箱内部。卸下燃油过滤器，清除滤芯上的油污及水分。松开高压油管，摇车，使高压油泵及油管内存油排出。将沉淀并过滤好的柴油注入油箱，排除输油路内空气，安装好过滤器，再次摇车，待高压油管喷出清洁无水的柴油时，安上喷油器，继续摇车直到喷油为止。
压缩系统：
使气缸减压，摇转曲轴，如排气管中排出水分，应卸下气缸盖，将气缸内的水分清除，气缸壁涂少许机油后装复。
这些检查和处理步骤应相互结合进行。完成后，即可启动试运转。点火后正常运转几分钟后熄火，保存在干燥处。外部脱漆部位，涂漆或黄油防锈。