由于工作环境及农用车的一些客观因素，驾驶员的健康可能会受到一定影响，甚至造成危害。因此，农用机动车驾驶员在工作过程中要注意自我防护。
1、防止废气造成的疾病
发动机工作排出的废气中含有大量炭粒、一氧化碳、二氧化碳、甲醛及丙烯醛等有害物质。长期吸入这些物质会引起呼吸道疾病，眼睛受到刺激易患结膜炎，烟气浓度大时还会引起一氧化碳中毒。
预防措施：一是排气管要高于驾驶室顶，或改变排气管位置，使废气远离驾驶室；二是在机室内固定作业时，要打开门窗，保持空气畅通；三是在调试发动机时，应选择通风良好的场所，避免吸入废气。
2、防止油料引起中毒
汽油和柴油对人体有毒害作用。汽油中的四乙基铅通过呼吸道、消化道和皮肤侵入人体，刺激神经系统，引起急性或慢性中毒。柴油蒸气吸入肺部会引发肺炎，长期接触柴油蒸气和机可能导致接触性皮炎，如红斑、丘疹、水痘等。
预防措施：一是用汽油、柴油擦洗零件时，尽量使用钢丝刷或毛刷，避免皮肤直接接触。如汽油、柴油溅入眼内，立即用清水冲洗。二是禁止用嘴吸油管，特别是含铅汽油，加油时应使用工具。三是有呼吸道、心血管、中枢神经系统疾病的人，最好避免接触汽油和柴油。四是工作完毕立即用温水和肥皂洗脸洗手。
3、防止防冻液中毒
常用的乙二醇水防冻液具有一定毒性，对人体的肾、肝、胃、肠道等内脏有刺激作用。同时，防冻液中的腐蚀抑制剂也多为有毒物质。防冻液中毒具有一定潜伏性，10-12小时内无明显症状，随后可能出现头晕、头痛、恶心、腹痛、口干、舌燥、出冷汗等。3-5天后毒素可能对肾脏造成严重损伤，甚至导致肾功能完全停止，病情恶化可能危及生命。
预防措施：防冻液中毒初期，应立即用清水或2%的苏打水洗胃，并及时送医治疗。防冻液中毒主要通过口腔进入，因此驾驶员在配制或加注防冻液后，务必彻底洗手。
4、防止配合剂中毒
配合剂主要通过呼吸、皮肤接触和误食进入人体，其中呼吸和皮肤接触最为严重。
防止措施：一是操作场地面积应大于18平方米；二是保持场地通风、卫生和光线良好，盖好容器，及时处理剩余配合剂及脏物；三是工作完成后及时洗手；四是操作中避免直接接触胶黏剂，应戴防护手套和防护面具，必要时可在手上涂抹食物油。
5、预防噪声和震动对人体的危害
农用机车作业中产生的震动和噪声已远超安全标准，可能引起驾驶人员听觉疲劳和注意力分散。在高速或不平路面上行驶时，强烈震动可能导致腰背酸痛、腿脚肿胀、胃下垂等疾病。
预防措施：排气管应安装消声器以减轻噪声；改装弹性较好的座垫和靠背，驾驶时戴手套；患有胃下垂或腰背酸痛的人，不宜驾驶拖拉机。