由于我国人均占有耕地少，复种指数高，倒茬间隔时间短，加之秸秆碳氮比高，不易腐烂。所以秸秆还田常因翻压量过大，土壤水分不适，施氮肥不够，翻压质量不好等原因，出现妨碍耕作，影响出苗，烧苗，病虫害增加等现象，有的甚至造成减产。为了克服秸秆还田的盲目性，提高效益，推动秸秆还田发展。中国农科院土肥所等单位研究了我国华北、西南、长江中游、浙江三熟制种植区，江苏水旱轮作区的，使秸秆还田各项技术具体化、数量化、综合起来有如下7个方面。
1.秸秆还田方式及其适应性
秸秆直接还田目前主要有三种方式，即机械粉碎翻压还田，覆盖还田和高留茬还田。
华北地区除高寒山区，绝大部分地区可采用秸秆直接粉碎翻压还田。水热条件好，土地平坦，机械化程度高的地区更加适宜。
西南地区和长江中游地区的研究表明，水田宜于翻压，旱作地宜于覆盖。
浙江三熟制地区，将早稻草翻压还入晚稻田是该地的主要方式。
秸秆还田量及还田周期
还田秸秆数量基于这样考虑：还田的秸秆量能够维持和逐步提高土壤有机质含量。从生产实际出发，一般以本田秸秆还田。
华北地区的试验表明每亩翻压200～400公斤麦秸(风干量)都有较好的增产效果。可以补偿土壤有机质的损耗，并且可逐年提高土壤有机质含量。
对华北地区玉米秸秆还田量的研究表明，翻压还田以300公斤为宜，一般不超过400公斤，整株覆盖以500～700公斤为宜。玉米每亩秸秆产量(除去上部作饲料部分)一般在280～400公斤，采用本田秸秆还田，一年还田一季，就可以逐年增加土壤有机质含量。
西南地区每亩有300～450公斤稻草产出，亩施300公斤(风干重)稻草即可得到满意的增产效果。所以冬水田翻压稻草或冬作物上覆盖都以每亩还田量300～400公斤为宜，高留茬还田量在200～300公斤之间。再生稻产量不高，其稻草可全部还田。
长江中游地区，在水稻、小麦和棉花三种作物上，无论是翻压或覆盖都以每亩200公斤最经济有效。为了保持土壤有机质平衡，规定了土壤有机质保持目标。砂质田为2.2％～3.5％，粘质稻田为2.5％～3.0％，冲积性砂土为1.2％。按照上述秸秆还田量，每年还田一季秸秆即能达到土壤有机质保持目标，并有所增加。浙江地区整草免耕还田稻草量约占本田稻草量的1/3～1/2，约相当于160～240公斤，碎草翻埋还田每亩约200公斤，晚稻草还冬作田，麦田免耕盖草约150～300公斤，冬绿肥田盖草约100～200公斤。江苏稻麦轮作区，秸秆覆盖还田量多在100～300公斤之间，黄泥土最高产量的还田量为173公斤，淮北稻麦二季最适年还田量为241公斤。
总的看来水稻、小麦秸秆的适宜还田量(风干重)以200～300公斤/亩为宜。玉米秸秆在300～400公斤/亩为宜。一年一作地块和肥力高的地块还田量可适当高些，在水田和肥力低的地块还田量可低些。每年每亩地一次还田200～300公斤秸秆，可使土壤有机质含量不会下降，并逐年有所提高。
2.适宜的翻压覆盖时间
华北地区麦秸直接翻压还田，一般在6月上中旬进行，麦收后随即将麦秸切碎，均匀撒开，施肥翻耕整地播种，在玉米行间盖麦秸和高留茬灭茬还田要突出一个早字。一般在6月下旬至7月上、中旬进行。
华北地区玉米秸秆翻压还田时间应越早越好，最理想是玉米上部还有2～3片绿叶时及时翻压还田，此时大致在9月下旬至10月上旬。覆盖还田亦多在玉米收获后，将玉米秸秆顺垅割倒或压倒。
长江中游地区麦田盖草从播种到4叶期均可，但以播种后覆盖和分蘖初期(冬至)盖草较好。在棉花上盖草适宜时间为6月中、下旬，延至7月随时间推移，覆盖效果明显下降。在双季稻区采用早稻草原位直接还田，收割后即可实行。在西南地区冬水田稻草还田，8月中下旬水稻收割时将稻草撒铺于田面或留高茬40厘米～50厘米及时耕翻入土。再生稻则全部稻草稻桩还田泡水过冬，第二年春耕翻压。麦田免耕盖草和油菜田免耕盖草播后即可实行。江苏稻麦轮作区，稻田免耕或耕翻种麦的田块，施足基肥，播后喷施除草剂即可盖草。麦草覆盖还田，可在麦收后耕地，施肥灌浅水施面肥后盖草。浙江三熟制稻田，早稻脱粒后即可将稻草撒匀翻埋还田。麦田免耕覆盖从播种至四叶期均可，以播后覆盖最为普遍，冬绿肥田盖草晚稻收割后即可进行。
3.翻压深度和粉碎程度
农业机械是制约秸秆还田的重要因素，翻压和粉碎都离不开农业机具。华北地区麦秸不同翻压深度的试验表明，翻压深度大于20厘米，或将秸秆耙匀于20厘米耕层中，对玉米苗期的生长影响不大，翻压深度小于20厘米，则对苗期生长不利。从粉碎程度上看小于10厘米较好。玉米秸粉碎翻压还田粉碎程度多在10厘米～15厘米，翻压深度在20厘米～25厘米。目前玉米秸整株翻压和整株覆盖已引起人们的关注，特别适于在一年一熟的地区实行。南方稻草翻压还田主要用早稻草还晚稻田，稻草切一刀或二刀约15厘米～20厘米。据调查大中型拖拉机配上各种型号的犁翻压深度可达18厘米～42厘米，多数在22厘米～27厘米，切碎机可把秸秆切碎0～100毫米，完全可以满足北方小麦、玉米秸秆还田的需要。南方用脱切机或旋耕机与12马力手扶拖拉机配套把稻草压入田中。
4.合理配施氮磷肥
作物秸秆的碳氮比值较大，一般在60～100∶1。微生物在分解作物秸秆时，需要吸收一定的氮营养自身，造成与作物争氮影响苗期生长，加之我国土壤普遍缺氮，磷钾也较缺乏，所以秸秆还田时一定要补充氮素，适量施用磷钾肥。秸秆还田可与各地的平衡施肥相结合。
5.调控土壤水分
合适的土壤水分含量是影响秸秆分解的重要因素。华北地区秸秆还田把土壤水分调控在20％左右最有利秸秆的分解。南方水田翻压秸秆要注意淹水还原状态下产生甲烷、硫化氢等有害气体。在未改造好的下湿田、冷浸田、烂泥田和低洼渍涝田、不要进行秸秆翻压还田。在一般稻草翻压还田的田块，水分管理要浅灌、勤灌适时烤田，在分蘖初期及盛期各耘田一次，以便增加土壤通透性，排除稻草腐解过程中产生的有害气体。南方旱作物上，秸秆还田也要注意调节水分，经常保持土壤湿润。
6.防治病虫害和杂草
秸秆还田，特别是秸秆覆盖为病虫害提供了栖息和越冬场所，尽量减少覆盖秸秆病穗的残存和越冬基数，是减少病虫害传播的有效方法。因此凡有上述病虫害严重发生的秸秆都不能进行还田。南方水稻秸秆凡有纹枯病、稻瘟病、白叶枯病等病害的稻草不宜还田，有三化螟发生的田块，稻桩应深压入土中。
杂草是农业生产的大敌。它与作物争水、肥和光能，侵占地上部和地下部空间，影响作物光合作用，降低作物产量和品质，杂草还是病虫害的中间寄主。华北地区6～9月份是高温多雨季节，杂草生长很快，及时防除杂草十分重要。及早在玉米行间覆盖麦秸能有效抑制杂草生长，如果与使用除草剂相结合，除草效果就会更好。南方麦田除草剂应在播后苗前喷施，每亩用100克60％丁草胺乳油兑水75公斤，土面喷雾，趁墒覆盖秸秆。
