脱粒机在使用过程中，应经常检查机器的转速、声音和温度是否正常。每完成一个品种的脱粒或一天的作业后，都应停机检查各处轴承是否过热，各紧固螺钉和键销是否松动，并及时排除异常。当使用柴油机作为动力时，应每天清理排气管及灭火罩，以防止积炭影响排气和灭火效果；使用电动机时，在炎热的午后应用禾秆遮挡电动机，防止其因暴晒而过热。定期检查各传动皮带的张紧度和各配合部位的间隙，并及时调整。雨季作业时，应经常清理机器罩盖上的尘土、碎屑及滚筒、滑板筛面的杂物和泥垢，避免积水导致机件生锈。每次作业结束后，最好将机器存放在库房或场棚内，若存放在室外，应覆盖油布或塑料布以防潮和雨淋。
脱粒季节结束后，应立即对脱粒机进行封存。封存时，应清理机器内外的尘土、污垢、茎秆和颖壳等杂物。对未涂漆的金属零件表面涂上防锈油，如传动皮带轮和脱粒机滚筒等。对机架和罩盖等磨去漆皮的地方补刷油漆。卸下电机、传动皮带等附件，并妥善保管。将机器放置在干燥的库房或场棚内，最好用枕木垫起，并覆盖油布，以防止机器受潮、曝晒和雨淋。明年使用前，应对脱粒机进行全面清扫和检修，打开全部轴承座盖，清除油污和杂物，重新上足润滑油，并更换或修整变形、磨损的零件。更换滚筒纹杆时，应注意按重量分组，根据重量加平衡垫进行安装，以保持滚筒平衡。更换个别纹杆时，不仅要注意平衡，还要通过适当调整垫片厚度来使滚筒在最小的径向跳动下运转。零件更换或修理后，所有连接螺栓都必须按要求紧固牢靠。