无土栽培蔬菜的施肥最简单，只要浇灌营养液就可以。无土栽培营养液的配置要有氮、磷、钾、钙、镁、硫等大量元素和铁、锰、硼、锌、铜和钼等微量元素。营养液的配方有不同植物专用的，也有一些植物通用的，农艺市场上都可买到，可按照标签上的说明，合理配制后进行浇灌。
营养液的浇灌是无土栽培的关键，标准营养液浇灌的原则是晴天浇，阴雨天不浇；生长前期少浇，结果期多浇。营养液可回收，循环使用，一般每隔20天左右彻底更换1次营养液。
土壤栽培可选用传统肥料，也可使用营养液。若用传统肥料，最好选用有机肥，包括植物性肥料和动物粪肥等，尽可能不用化学肥料，因化肥会残留酸根或盐根，盆土会变成酸性或碱性，妨碍植物的生长。农艺市场上有各种专用有机肥料，可根据蔬菜种类选择合适的有机肥。
还可利用厨余自制有机堆肥，不但减少垃圾量，充分废物利用，经济又环保。自制有机肥堆肥的方法非常简单：先将栽植容器底层扑上碎瓦片或窗纱等进行垫盆，然后覆土约2cm，再将沥干的厨余放在容器中（约3cm),再覆上一层厚土（约6－9cm），堆肥就做成了，在这个容器中就可进行播种栽种了。
