桃子在树上腐烂的主要原因是由于病菌和昆虫的侵害。桃子树上的桃子一旦受到病菌和昆虫的侵害，就会出现腐烂的现象。而病菌和昆虫的侵害主要是因为桃子树生长环境不佳，或是管理不当所致。
桃子在树上腐烂还有可能是由于天气原因造成的。如果桃子树所处的环境过于潮湿或是温度过高，就容易导致桃子腐烂。此外，如果桃子树所在的地区经常遭受暴雨、暴风等恶劣天气，也可能会导致桃子腐烂。
桃子在树上腐烂还有可能是由于果实自身的问题所致。如果桃子的果实受到了外力的损伤，比如说被鸟类啄食或是被采摘时不小心摔落，就会导致果实内部受损，从而引起腐烂。