瓜果变形。黄瓜绿斑驳病毒病会导致瓜果变形，表面则会出现不规则的绿色斑点，使得瓜果外观不美观，降低了商品价值。
叶片变黄。黄瓜绿斑驳病毒病还会导致瓜果植株的叶片变黄，叶缘卷曲，甚至出现萎蔫的现象，这是因为病毒会破坏瓜果植株的叶绿素合成，使得叶片不能正常进行光合作用。
果实发育不良。黄瓜绿斑驳病毒病还会影响瓜果的发育，使得瓜果不能正常生长，在果实发育初期就出现囊变、变小、畸形等异常现象，严重时导致果实枯萎。
花蕾凋零。黄瓜绿斑驳病毒病会使瓜果植株的花蕾凋零，直接影响瓜果的正常开花结果。并且一个植株患上该病毒病后，受到病毒的感染后易于扩散，会导致整个瓜果园的产量大量减少。