1. 田间管理
对番茄田进行规范化管理，如清除杂草、修剪不良枝叶等，有助于减少番茄斑潜蝇的孳生场所，从而降低其危害程度。此外，注意及时清理厩肥和植物残体等有害物质，也可以减缓害虫的繁殖速度。
2. 物理防治
使用物理方法防治害虫也是一种有效的手段。可以采用覆盖农膜、安装光电陷阱、利用黄板、蓝板等粘贴式诱捕器等，减少害虫的数量，避免害虫的侵扰。
3. 生物防治
通过引进天敌和使用生物制剂等方式，进行生物防治。对于番茄斑潜蝇，科学家们发现，蚜茧蜂、瓢虫、蝈蝈等天敌都对其有着较好的天敌作用，可以考虑在番茄田进行引进。此外，有机肥料、农家肥等也可以提高土壤质量，增强番茄植株的抗病能力，减少害虫的侵袭。
4. 化学防治
在防治番茄斑潜蝇时，也可以使用化学农药，但是要注意农药的使用方法和使用量。尽量选择低毒、低残留的农药，并严格按照农药的使用规定进行使用，避免对环境和人体造成危害。