一、病原体不同
黑斑病的病原体是真菌，主要是通过种子和土壤传播，常发生在低温潮湿的环境中，容易导致油菜的叶片、茎和果实上出现黑色的小斑点，进而扩散到整个植株。而菌核病的病原体是细菌，主要通过感染的植株、种子和田间工具传播，常在高温多雨的环境中发生，会导致油菜出现黄化、枯死、畸形等症状。
二、症状不同
油菜黑斑病的症状主要表现为叶片上出现小黑点，逐渐扩大，形成圆形或不规则的黑斑，而油菜菌核病的症状则是在植株上形成白色或浅黄色的小斑点，逐渐扩大，出现黑色的边缘，最终形成褐色的坏死区域。
三、防治方法不同
针对油菜黑斑病的防治，可以采用选择健康种子、合理施肥、及时清除枯叶等方法。而对于油菜菌核病的防治，可以采用使用抗生素、选用抗病品种、定期轮作等方法。