石榴树坐果后容易发生根瘤病。这种病害是由一种叫做根瘤菌的细菌引起的，病害初期出现的症状是植株上出现一些肉质肿瘤，严重的话会导致石榴树的死亡。预防根瘤病的方法是在种植石榴树之前对土壤进行消毒处理，或者使用含有十氯异苯菊酯等杀菌剂的药物进行预防。
石榴树坐果后还容易受到炭疽病的侵袭。这是一种由真菌引起的病害，初期症状是果实上出现一些黑褐色的病斑，随着病情加重，果实会腐烂变黑。预防炭疽病的方法是在石榴树坐果初期使用含有氧化亚铜等成分的杀菌剂进行喷洒，保持石榴树的通风透气，避免过度浇水。
石榴树坐果后还可能出现病斑病的情况。这是一种由霜霉菌引起的病害，初期症状是石榴果实表面出现一些深棕色的斑点，随着病情加重，斑点会扩大并且变黑。预防病斑病的方法是在石榴树坐果初期进行冬季无菌修剪，喷洒含有甲基硫菌灵等成分的杀菌剂，保持石榴树的通风透气。