预防为主，加强管理是防治大豆田菟丝子的重要措施。在大豆种植前，应该进行彻底的清场，并采取轮作休闲的措施，避免细菌繁殖。另外，合理制定肥料和农药的使用计划，按照规定的用药量和使用方法进行使用。
化学防治是防治大豆田菟丝子的常用方法。常用的药剂有：草甘膦、草铵膦等。草甘膦是目前应用最广泛的除草剂之一，具有广谱、强效、低毒、易降解等特点；草铵膦是一种含氮有机磷酸盐型除草剂，具有除草速度快、持效期长的特点。这些药剂能有效地杀灭大豆田菟丝子，但也要注意合理使用，严格按照说明书使用，避免过量使用和误用。
生物防治也是一种可行的方法。例如使用防治大豆田菟丝子的天敌——夜蛾、螟虫等昆虫。这些昆虫可以食用大豆田菟丝子，从而达到防治的效果。但是生物防治需要时间长、效果慢，而且对环境有一定的影响。
