玉米淀粉和土豆淀粉在化学结构上存在差异。玉米淀粉主要由淀粉分子组成，而淀粉分子是由葡萄糖分子组成的聚合物，这些葡萄糖分子以α-葡萄糖连接在一起。相比之下，土豆淀粉中的葡萄糖分子连接方式与玉米淀粉略有不同，通常为淀粉分子中含有一些β-葡萄糖连接。
玉米淀粉和土豆淀粉在物理性质上也存在差异。玉米淀粉通常呈现出相对较细的颗粒状，颜色呈白色状，呈现出比土豆淀粉更加坚硬的质地。相反，土豆淀粉的颗粒相对较大，呈现出浅黄色，质地较为松散。
玉米淀粉和土豆淀粉在应用上也存在一些差异。由于它们的物理和化学性质不同，它们在食品加工中的应用也不同。例如，玉米淀粉通常用于制作糖果、面包和烘焙产品等食品，因为它有良好的黏稠度和流动性。而土豆淀粉则常用于制作汤、酱料和沙拉酱等食品，因为它能使食品保持稠度和口感。