秸秆还田会增加土壤酸度。秸秆中含有大量的有机酸，还田后会分解成有机酸和有机氮，这些物质都会增加土壤的酸度，对土壤的生态环境造成负面影响。
秸秆还田会导致麦田病害增多。秸秆中寄生着众多的病菌，还田后容易导致麦田内病害的增多，如腐霉病、叶斑病等。这些病害会给麦田的产量和质量带来很大的影响。
秸秆还田会增加农业生产成本。秸秆还田需要先将秸秆粉碎成小颗粒，再进行还田，这就需要投入大量的人力和物力，增加了农业生产的成本。
秸秆还田会影响小麦的品质。秸秆中含有大量的杂质和碎屑，这些物质会降低小麦的含量和品质，影响麦面的加工和使用。