在种植上的差异。普通水稻通常使用大量化学肥料和农药，而有机水稻则不使用化学肥料和农药，转而使用有机肥料和天然农药。同时有机水稻还会采用旋耕和间作等方式来保持土壤的健康和生态平衡。
在农艺管理上的差异。有机水稻更注重自然生态环境的保护和土壤的营养平衡，而普通水稻则更注重高产高效。有机水稻的种植需要进行科学规划和耕作，例如合理的轮作、间作、施肥和病虫害防治等，以保证水稻的生长和发育。
有机水稻在收获和加工上也有所不同。有机水稻在收割时，需要选择适当的时机，保持水稻籽粒的完整性和保鲜度，以获得更好的品质和口感。在加工上，有机水稻不添加人工合成的防腐剂，也没有经过基因改良等处理，从而保留了更多的营养成分和天然风味。
