选择健康的种苗是防治芹菜根腐病的关键。选苗时应选择健康、无病害的种苗，并在移栽前将种苗浸泡在0.3%的过氧化钾溶液中10-15分钟，可有效防治芹菜根腐病。
合理施肥也是防治芹菜根腐病的重要措施。芹菜在生长过程中需要适量的营养元素，但过量的施肥会使芹菜根系过度生长，从而容易引起芹菜根腐病。因此，在施肥时应掌握适量原则，避免过度施肥。
芹菜根腐病的发生与土壤条件有关。土壤过湿、空气不流通等条件容易导致芹菜根腐病的发生。因此，在种植芹菜时应选用排水良好、通风透气的土壤，并在种植前进行良好的土壤消毒处理。
及时发现和处理病害也是防治芹菜根腐病的重要环节。一旦发现芹菜根腐病的症状，应立即将病株挖出，清除感染病菌的部分，并将残留部分进行消毒处理。同时，及时更换种植地点，避免病害继续传播。
