二者的发病过程不同。小麦根腐病是由真菌侵入小麦根部，利用小麦的营养和水分生长繁殖，导致小麦根部腐烂，影响植株的生长发育；而小麦全蚀病则是由昆虫针头传播的病毒引起的，病毒入侵植株后迅速繁殖，并且会影响小麦的生长发育，导致叶片变黄、萎缩、死亡。
二者的病原菌不同。小麦根腐病的病原菌主要是水生霉菌、根腐菌等真菌，它们在高湿、高温、土壤通气不良的条件下容易滋生；而小麦全蚀病的病原菌则是属于病毒科的白粉虱传毒病毒，白粉虱是一种小昆虫，寄生在植物的表面，通过针头式咬口将病毒注入植株。
二者的症状表现也存在差异。小麦根腐病的症状主要表现为根部腐烂、变黑、软化、断裂，植株发黄、枯死等；而小麦全蚀病的症状则是叶片出现斑点、变黄、变褐、卷曲等，整株植株生长缓慢，叶子逐渐干枯。