采取物理防治措施。可以在丝瓜种植期间，设置黄色粘蝇板，吸引瓜实蝇飞入，黏住它们。此外，在丝瓜采收前期，还可以采用人工割去受害果实的方法，将受害果实及时清理，避免瓜实蝇在上面产卵繁殖。
采取化学防治措施。丝瓜实蝇一般在丝瓜果实成熟期进攻，此时可以喷洒合适的杀虫剂，如敌敌畏、氧氟吡菊酯等。但是，需要注意的是，化学防治要掌握好施药时间和剂量，避免对环境和人体造成危害。
此外，还可以采取生物防治措施。可以引入瓜实蝇的天敌，如细小蜂、天牛等，利用它们对瓜实蝇的天敌作用进行防治。此外，还可以利用丝瓜的生态特性，采用物种间间作、轮作等方法，减少瓜实蝇的栖息环境和食源，从而达到防治的效果。
