首要的一个困难就是生产难度比较大。三熟制油菜需要经过特殊的加工工艺，需要进行水浸、清洗、烘干等多个步骤，这就需要生产厂家具有相当的生产技术和加工能力。同时，对于生产工艺的要求很高，需要生产厂家具有精细的操作和掌握先进的加工技术，这也为生产增加了很大的难度。
三熟制油菜的成本也比较高。由于生产难度大，需要大量的人工作业，同时生产设备的投入也很大，这使得三熟制油菜的生产成本比较高。而这也直接影响着三熟制油菜的售价，从而限制了其在市场上的推广。
三熟制油菜生产所需的设备和工艺还需要不断优化和改进。现在的三熟制油菜生产设备和工艺还比较落后，无法满足市场需求。因此，生产厂家需要不断进行技术改进和设备升级，这也对于推广三熟制油菜带来了一定的困难。
