基肥施用过多会导致土壤的肥力过于强大，不利于大豆的生长发育。大豆生长的适宜土壤pH值为6.5-7.5，如果土壤过于肥沃，将会使土壤酸化，使大豆根系发育受阻，从而影响其正常生长发育和产量。
过度施用基肥也会导致土壤质地变得过于紧实，不利于大豆根系的伸展和吸收养分。大豆的根系发育比较发达，需要一个松散的土壤环境来保证其正常生长发育。如果土壤质地过于紧实，就会使大豆根系发育不良，从而影响其正常吸收养分和水分，导致减产。
基肥施用过多还会导致土壤中病虫害的滋生和危害。基肥中的养分过多会吸引病虫害的侵袭，从而导致大豆的减产和品质下降。如果在基肥中添加了过多的氮肥，还会导致大豆生长过于旺盛，不利于取得高产。
