从病原体的角度来看。真菌性病害是由真菌引起的，而细菌性病害则是由细菌引起的。真菌和细菌在生物学上有很大的差异，它们的形态、结构、生理功能都不一样。因此，这两种病害在病原体方面就有很大的区别。
从症状表现来看。真菌性病害的症状通常是黄瓜叶片上出现圆形或不规则形状的斑点，颜色一般为灰白色或棕色，边缘清晰。随着病情的加重，斑点会扩大，相互融合，形成大片的病斑。细菌性病害的症状则比较复杂，不同的细菌引起的病害症状也不同。一般而言，细菌性病害的症状包括叶片上出现黄褐色斑点、长成线状或圆形，叶片呈现出干枯、卷曲等症状。
从治疗方法来看。真菌性病害和细菌性病害的治疗方法也有所不同。真菌性病害可以采取喷洒杀菌剂的方法进行治疗，如硫磺、甲基硫菌灵等。细菌性病害则需要采取防治措施，如清除病株、加强通风、控制水分等。
