1.修复土壤
由于长期使用化肥、农药，土壤的团粒结构、酸碱平衡都被破坏，一些营养物质如中微量元素被固定植物吸收不了，土壤中的生态平衡也被破坏，现在很少能在老种植地见到蚯蚓了，有益菌也大量减少。生物菌能将土壤中被固定中微量元素释放出来，同时还有固氮固碳的作用，为作物提供更多的养分，常年种植一直使用化肥的庄稼地只使用生物菌和有机肥化肥不用至少可以保证3年不会减产，质量还会更好。此外，生物菌还有拮抗病原菌调节土壤的酸碱平衡的作用，减少土传病害及线虫的发生，有机肥为土壤提供碳源和大量有机质，同时还提供多种植物生长所需营养物质如有机酸、肽类。中微量元素的补充就是四位一体中说的全园矿物质，可为植物次生代谢提供营养，而高能量物质可直接作用于植物开启次生代谢，产生各类功能物质和风味物质，有助于提高植物的抗逆性和农产品的品质。
2.提高作物抗逆抗病的能力
胁迫+营养可开启植物的次生代谢，当遇到大风、冰雹或施肥断根等逆境胁迫时在营养充足的情况下植物就开启次生代谢，会产生化感物质：有自身免疫物质，能有效抵抗逆境伤害，有修复功能物质，可修复被损害的植物组织，有除草的物质和驱虫、杀虫的物质，减轻病虫草害对作物的伤害。生物菌、有机肥、中草药制剂、中微量元素、高能量物质这五样投入品都能直接或间接的为作物提供营养，特别是中药不但可直接通过提高作物酶活性来提高作物的免疫力和抗逆性其中含有的硫元素是开启植物次生代谢的必要条件，同时中药还有修复伤口、增厚叶片蜡质层的作用，阻断了病原菌侵入的途径，提高了作物的抗病能力。中微量元素和高能量物质可被作物直接吸收利用，提供营养，使作物在遭受环境胁迫侵袭时及时开启次生代谢，产生足够的化感物质，以抗击环境胁迫因子的进攻，杀灭病菌，达到有效防控病害的目的。
3.提质增产
次生代谢产生的风味物质决定农产品的口感及品质，粮不香果不甜就是因为作物没有开启次生代谢产生不了风味物质造成的，次生代谢还能产生各类功能性物质一方面提高作物的抗逆性使得作物生长健壮，不易发病，保障了植物的产量，一方面在果实中起到各种有益于人的作用，如人参皂苷就是次生代谢产生的功能性物质，如梨有利尿作用，也是其中的功能性物质决定的。这些功能性物质和风味物质随着次生代谢在果实中的累积不但能增加其品质使得其品相好、气味正、口感好、耐储存、卖价高等更能增加单果重量，达到增产的目的。
4.复壮树体
生长势弱的树有的是因为土壤中养分被固定植物吸收不了“饿”出来的，如缺素型黄化树；有的是挂果子多、打化学激素催产使得树体负荷过重“累”出来的，如小老树；有的是浅表施肥、大水漫灌、施肥时机不对，导致毛根上浮，抗逆性差等管理不到位“管”出来的。前面说过，生物菌有分解释放土壤被固定养分的功能，这样就解决了饿的问题，中草药制剂可提高植物的叶绿素含量，作物能光合创造更多的养分，尤其是对有黄化、褐斑等病树的作用明显，还能促发新根，对有根腐病、根结线虫等根部病害的树体复壮效果好，同时还能传导杀死潜藏在树体内的真、细病原菌，修复伤口阻断病原菌的侵染途径。中微量元素、高能量物质、有机肥和中药里含有的氨基酸、多糖类、黄酮类等可为植物提供生长所需的各种营养物质，使植物生长良好、健壮。
