洪灾过后，作物的生长和土壤性质都受到一定程度的影响，因此，无论是对被淹过的作物，还是新移栽或种植的作物，在施肥量和施肥方法上均有所不同，具体原则如下。
一、受灾作物的施肥
对浸泡时间较短、受灾较轻、收成有望的作物，可在洪水退后，亩施尿素5-7.5千克，以促进其生长。在作物生长后期，还可采用叶面施肥的方法，喷施磷酸二氢钾溶液，其浓度晚稻可控制在0.1-0.2%，一般为每亩稻田用水50-75千克；由于受洪水浸泡后的晚稻生长发育推迟，为确保在寒露来临前能安全齐穗，可根据需要喷施一次赤霉素(即九二○)，浓度为每1000千克水加2-3克赤霉素，可先用10千克溶解2-3克赤霉素，再稀释成上述浓度，以促进其齐穗和早熟。
二、灾后秋播作物的施肥原则
（一）施用量较常年适当减少：一般可控制在常年的1/3-1/2。基肥可考虑使用复合肥，其用量可控制在25-40千克/亩，追肥可用腐熟人粪尿或尿素。
（二）酌情追肥，切忌过量：在追肥时必须根据作物的生长情况确定施肥量，一般人畜粪尿用量控制在500千克/亩，尿素控制在5千克/亩左右。
（三）重基肥，轻追肥：可考虑将所用肥料总量的80-90%作为基肥，仅留小部分作为追肥，特别是氮肥更应该如此，以避免后期施氮过多造成贪青晚熟而失收，或影响下季作物的适时播种。
（四）氮磷钾的施用比例：可适当加大氮肥的施用比例，但主要是基肥上，且其施用量也应控制在往年的1/2左右，最多不得超过常年用量的2/3。
（五）后期叶面喷施磷酸二氢钾：作物生长后期，可酌情喷施1-3次0.2%磷酸二氢钾溶液，喷施间隔1周左右，以提高作物的抗寒性，促进其早熟、高产。
