冬瓜的枯萎病为毁灭性的土传病害，其病原菌可在土壤及未腐熟的有机基中存活5-7年，种子也可带菌，防治枯萎病应采用综合治理措施：
（1）种植抗病品种，如黑皮冬瓜
（2）种子消毒：将种子浸水，待吸收水分后（不要出芽）沥干，取2.5%适乐时悬浮剂1包（10毫升）加水150-200毫升，将种子和药液倒入容器中充分混匀（1包适乐时可拌种5-10公斤），再行催芽。经适乐时处理的种子出苗齐整、苗壮，还可兼治苗期的其他病害
（3）育苗：营养杯土或苗床土应采用新泥或塘泥，若取自本田，则要进行土壤消毒：每100斤土用农用福尔马林2-3两加水50斤，淋湿拌匀后用塑料薄膜覆盖密封5-7天，之后揭膜，扒平翻晒7-14天，让残留的福尔马林充分挥发后再行播种；药土撒施法：按每担土拌1斤药（50%福美双可湿性粉剂或50%多菌灵可湿性粉剂）制成药土；用50%多菌灵可湿性粉剂，或75%敌克松原粉、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液喷洒床土，1平方米床土用药量25-30克
（4）选择地势较高、排灌良好的地块高畦深沟种植冬瓜
（5）定植前2天用2.5%适乐时悬浮剂2000倍液淋营养杯土，定植时再用同样浓度的适乐时药液作定根水，每株半斤药液，以后每10-15天淋一次，连续2-3次，也可与50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、75%敌克松原粉500-800倍液交替使用。
（6）清洁田园：及时拨除病株，带离田间烧毁。收藤后将瓜藤集中堆沤处理或集中烧毁，以减少田间病原菌。
